La scurtă vreme după alegerea pe tronul Țărilor Coroanei Cehe Jiri de Podebrad a întâmpinat probleme de legitimitate și autoritate pe întinsul teritoriilor regatului. La baza acestor disensiuni stăteau și particularitățile tradiționale ale regiunilor regatului care le individualizau pe fiecare în cadrul mai larg al regatului. Mai concret, stările nobiliare din Moravia au contestat alegerea lui Jiri de Podebrad ca rege, motivând că aceasta fusese efectuată doar de stările nobiliare din Boemia, vestul Cehiei de azi.

La scurtă vreme după alegerea lui Jiri de Podebrad ca rege al Țărilor Coroanei Cehe papa Pius al II-lea a declarat nule Compactatele de la Jihlava prin care se ajungea la un acord între catolicii și husiți din regatul ceh și se punea capăt războaielor husite. Trebuie să avem în vedere că negocierile din acel context fuseseră purtate de cardinalul Cesarini, în numele Bisericii, într-un interval în care mișcarea conciliaristă din Biserica catolică - ce dorea să cenzureze puterea absolută a Episcopului Romei - era în plină desfășurare. Regele Jiri de Podebrad a simțit amenințată pacea socială fragilă din regatul ceh.

În debutul domniei Jiri de Podebrad s-a izbit de probleme privind legitimitatea sa pe întreg teritoriul Coroanei Cehe. Contestat de catolicii din Moravia el a reușit însă, printr-o abilă și remarcabilă implicare în viața politică, să-i atragă pe contestatari de partea sa. De asemenea, a apelat la alianțe matrimoniale - fiica lui, Caterina, s-a căsătorit cu regele Ungariei, Matia Corvin - ieșind din izolarea în care se afla regatul ceh din timpul războaielor husite. A stabilit alianțe matrimoniale și cu ducii de Saxonia și Brandenburg.

Unul dintre punctele centrale ale politicii lui Jiri de Podebrad pe tronul Țărilor Coroanei Cehe a fost legat de respectarea prevederilor Compactatelor de la Jihlava care puseseră capăt războaielor husite. Desigur, punerea lor în practică nu s-a realizat deplin, dar menținerea înțelegerii de la Jihlava a asigurat păstrarea regatului ceh unit. „În concepția sa respectarea convențiilor de la Jihlava reprezenta condiția pentru o conviețuire liniștită a majorității calixtine și a minorității catolice și creearea unei relații de toleranță reciprocă între cele două confesiuni. Stabilitatea în domeniul religios a influențat în mod pozitiv viața politică și economică. Totodată, Jiri a înțeles compactatele ca pe un document definitoriu pentru poziția țărilor cehe în Europa. Convențiile de la Jihlava dovedeau că în ciuda deosebirilor de dogmă, calixtinii cehi formau o componentă importantă a bisericii romano-catolice și nu era voie să fie persecutați, umiliți și considerați eretici pentru convingerile lor. În realitate, practica nu a fost nici pe departe atât de idilică, iar majoritatea populației europene continua să-i considere pe utraquiștii cehi niște eretici, așa cum dovedește și versul

Jiri de Podebrad, ales rege de comun acord de catolici și husiți, a reușit să fie un rege „a două popoare”. Cu tot trecutul lui husit el a încercat să împace ambele situații existente de fapt după încheierea Compactatelor de la Jihlava, și anume, persistența tradiției catolice și noua „biserică” husită. Un exemplu de factură personală vine să vorbească despre acceptarea inteligentă a realității de fapt din regat a celor „două popoare”: a doua soție a regelui - Johana din Rozmital - era catolică, precum și unii consilieri regali: Martin Mair, Antonio Marini și Grigore din Heimburg.